En este mismo lugar debió existir antiguamente otra iglesia, probablemente románica y coetánea del primer Garray asentado en el llano, de la que no han quedado más restos que la pila bautismal románica que se guarda en el baptisterio de la iglesia actual; recuerdo románico puede ser también la portada de medio punto, desnuda de todo arte.

La fecha de construcción de la iglesia de S. Juan Bautista, actual parroquias, se remonta al tercer cuarto del siglo XVI (1550-1575), conservando elementos góticos únicamente en la capilla mayor.

 No sabemos quien o quienes realizaron esta obra; sin embargo existen documentos en los que se hace referencia a las reparaciones que hicieron varios canteros: en primer lugar Diego de Zúmista recibió en 1577 la cantidad de 23 ducados por la obra de cantería que hace en la capilla de S. Juan de Garray. Pedro Pérez del Noval reparó en 1587 una de las paredes del templo y en 1906 recibió el encargo de hacer la sacristía y el campanario. Del otro cantero, Juan de la Viesca, las referencias son menos concretas, pero se sabe que en 1615 tenía una obra de cantería en la iglesia de S. Juan de Garray junto a Pérez del Noval.

 El exterior de la capilla mayor, que tiene aparejo de mampostería, consta de cinco paños limitados por contrafuertes rectangulares de sillería, con un leve escalonamiento.

 En el interior, ochavo y presbiterio, separados por un fajón de medio punto, lucen en sus cubiertas bóvedas de crucería. La del ochavo dibuja la mitad de una estrella de seis puntas con sus cinco claves lisas, mientras que la del tramo presbiterio está formada por cruceros, terceletes y convados dibujando cuatro arcos conopiales; tiene dieciséis claves, lisas unas y decoradas con esquemas estrellados y florales otras.

 Los nervios, moldurados, tienen perfil triangular y descansan en ménsulas cónicas y pilastras toscanas, a cuyos frentes se han adosado, otras pilastras para recibir el arco triunfal, que es semicircular y de perfil rectangular.

 El vano rectangular abierto en el ochavo es posterior, así como el cuerpo de la iglesia que se cierra con armadura de madera, quedando, estilísticamente, desligado de la cabecera. No obstante, puede verse todavía junto al arco triunfal, los arranques de los nervios de lo que hubiera sido el primer tramo de la nave para el que se había proyectado también una bóveda de crucería.